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기존 사업장을 운영하다 새 업종으로 창업한 경우, 신규 사업장에는 창업세액감면을, 기존 사업장에는 통합고용세액공제를 각각 적용하고 싶어도 2025년 개업분부터는 중복 적용이 불가능합니다. 통합고용세액공제는 사업장이 아닌 사업주 전체를 기준으로 판단하기 때문이며, 애매한 사안은 국세청 서면질의로 확인받는 것이 안전합니다.
가족 사업장을 같은 장소·같은 업종으로 물려받더라도, 기존 사업용 자산 인수 비율이 30% 이하라면 창업으로 인정받아 청년창업중소기업 세액감면을 받을 수 있습니다. 다만 가족 간 승계는 과세관청이 엄격하게 보므로, 자산 명세서 등 증빙을 철저히 갖춰 사후 관리에 대비해야 합니다.
정부출연금으로 지출한 연구개발비는 조세특례제한법 시행령 제9조에 따라 세액공제 대상에서 제외되며, 인건비 용도를 임의로 나누어도 인정되지 않습니다. 결국 인건비 총액이 출연금을 초과하는 부분만 공제 대상이 되고, 민간부담금도 실제 연구개발 활동 여부에 대한 사실판단을 거쳐야 공제가 확정됩니다.
임업서비스업·숲가꾸기 업종은 조세특례제한법 제6조의 창업중소기업 세액감면 대상 업종에 해당하지 않습니다. 다만 실질 사업 내용이 '조경 공사'나 '조경 관리'에 해당한다면 '사업시설 관리 및 조경 서비스업'으로 감면 적용이 가능하므로, 신고 전 업종 분류와 실질 활동을 반드시 점검해야 합니다.
특수관계법인에 빌려준 대여금은 상대 회사가 부도·폐업으로 무자력이 되어도 대손처리 전까지는 가지급금으로 보아 인정이자를 계속 계산해야 합니다. 회수를 포기하고 대손처리(손금불산입)를 하면 그 이후부터 인정이자 익금산입 대상에서 제외되지만, 채무자에게는 채무면제이익이 과세될 수 있으니 시점과 방법을 신중히 설계해야 합니다.
파견업체가 지급하지 않은 퇴직금 문제로 원청 법인이 노동부 권고에 따라 파견근로자에게 합의금을 지급한 경우, 사업 관련 비용이므로 손금산입이 가능합니다. 다만 이 합의금은 기타소득 중 '사례금'에 해당하므로 지급 시 반드시 원천징수를 해야 합니다.
OEM 위탁생산 기업도 직접 기획, 자기 명의 제조, 자기 책임 판매라는 3가지 요건을 모두 충족하면 세법상 제조업으로 인정받아 창업중소기업 세액감면을 받을 수 있습니다. 다만 위탁 제조업체는 국내 또는 개성공업지구 소재 업체여야 하며, 해외 공장에 의뢰하면 감면 대상에서 제외됩니다.
도소매업·물류업 중소기업이 적재정량 1톤 이상이면서 냉장·냉동·보냉 또는 인양 장비를 갖춘 상품 운반용 화물차를 구입하면 '유통산업합리화시설'로서 통합투자세액공제를 받을 수 있습니다. 다만 수도권 과밀억제권역 내 증설투자는 원칙적으로 공제가 배제되므로, 차량 제원과 사업장 위치를 함께 확인해야 합니다.